มาสค์ไรเดอร์ดีเคด โลกที่มีเหล่าไรเดอร์แห่งยุคเฮยเซย์ (ยุค 2000) คอยปกป้องคุ้มครองอยู่นั้น แต่เดิมได้แยกออกมาเป็นมิติคู่ขนานทั้งหมด 9 มิติ และเป็นคู่ขนานกับโลกใบหลักเสมอมา จนกระทั่งเหตุการณ์การพุ่งชนของโลกทั้ง 9 ใบ เกิดขึ้น ทำให้เส้นกั้นมิติในแต่ละมิติของโลกทั้ง 9 เกิดรอยร้าว และส่งผลให้ศัตรูของไรเดอร์ในแต่ละมิติเกิดความสับสนและอาละวาดข้ามมิติขึ้น ทำให้เกิดไรเดอร์ผู้เชื่อมมิติขึ้นมาเพื่อสร้างความสมดุลให้กับโลกทั้ง 9 ฮิคาริ นัตสึมิ หลานสาวเจ้าของร้านถ่ายรูป Hikari Studio ได้ฝันเห็นไรเดอร์ทั้งหมดในยุคเฮย์เซย์ ทำสงครามกับใครคนหนึ่ง ท่ามกลางสงครามอันร้อนระอุ นัตสึมิ ได้เห็น ไรเดอร์ผู้สร้างสรรค์และทำลาย ผู้มีออร่าแสงสีชมพู ไรเดอร์คนนั้นได้ทำการยุติสงครามด้วยเพียงการโจมตีเพียงเล็กน้อยของเขา , นัตสึมิ รู้จักเขาได้เป็นอย่างดี และรู้ว่าเขาคือ มาสค์ไรเดอร์ ดีเคด นัตสึมิ ที่ฝันประหลาดได้ตื่นขึ้นมาจากภวังค์ และพบกับความวุ่นวายเนื่องจากผลงานของช่างภาพประจำร้านอย่างคาโดยะ สึคาสะ ชายหนุ่มนิสัยประหลาด ที่มักถ่ายภาพตามอารมณ์ของเขาแทนที่จะทำตามคำสั่งของลูกค้า ทำให้นัตสึมิต้องออกไปต่อว่าสึคาสะทันที แต่จู่ๆเหตุการณ์ประหลาดที่เกิดขึ้นรอบตัวนัตสึมิได้เกิดขึ้น ทำให้นัตสึมิและสึคาสะต้องเข้าไปพัวพันกับเหตุการณ์อาละวาดของศัตรูของไรเดอร์ในมิติต่างๆ นั่นเป็นสิ่งเป็นเรื่องบังเอิญ หรือ การจงใจของใครบางคน สิ่งเหล่านี้มีเพียงสึคาสะและนัตสึมิ เท่านั้นที่จะหาคำตอบให้กับตนเองและคำตอบของโลกใบนี้ให้ได้