อพอลโล วีรบุรุษอดีตกาล สู่ปฐมบท มหากาพย์สงครามหุ่นศักดิ์สิทธิ์ ‘อควอเรี่ยน‘ ปีเจเนซิสที่ 0011 อาณาจักรแอตแลนเดียที่น่าจะล่มสลายไปแล้วเมื่อ 12,000 ปีก่อนกลับปรากฏตัวขึ้นอีกครั้งบนโลกที่ประชากรมนุษย์สูญสิ้นไปแล้วถึง 2 ใน 3 จากเหตุการณ์วิบัติเมื่อ 11 ปีก่อน หนำซ้ำเผ่าดาเท็นโชที่มีปีกก็ยังคืนชีพขึ้นมาเพื่อจับมนุษย์ไปเป็นทำเป็นพลังงาน “บราน่า” อีกต่างหาก มนุษย์ที่หลงเหลืออยู่จึงได้ก่อตั้ง “DEAVA” โครงการฟื้นฟูโลกขึ้นมาหลังภัยพิบัติ พวกเขาได้ขุดพบเวคเตอร์แมชชีนทั้ง 3 ลำขึ้นมาจากใต้ทะเล และพบว่าเมื่อ 12,000 ปีก่อนมันคืออาวุธในตำนานที่ใช้ขับไล่พวกดาเท็นโช ซึ่งเมื่อยานทั้ง 3 รวมเข้าด้วยกันก็จะกลายเป็น หุ่นเทพเจ้าอควอเรี่ยน แต่ว่าการที่จะขับเวคเตอร์แมชชีนได้จำเป็นที่จะต้องมี “เอเลเมนท์” ที่เอาไว้ใช้สื่อสารกับเครื่องจักรได้ เหล่าเด็กหนุ่มสาวทั้ง 10 คนจึงถูกคัดเลือกขึ้นมาเพื่อเป็นนักบิน สมรรถภาพของเหล่าทหารและนักบินของ “อควอเรี่ยน” ที่ถูกคัดเลือก ซึ่งทุกคนจะมีโครงสร้างทางร่างกายที่เหนือมนุษย์ และพระเอกของเรา “อพอลโล” เป็นหนึ่งในเด็กจรจัดที่เข้ามาขโมยอาหารของทางกองทัพอยู่เสมอ จนทางกองทัพได้ส่งคนมาตรวจสอบอพอลโลว่า เป็นบุคคลที่มีความสามารถพิเศษรึเปล่า ซึ่งแท้จริงแล้วอพอลโล คือ สุริยะ เทพอพอลโลนิอัส กลับชาติมาเกิดนั่นเอง และซิลเวียหนึ่งในกลุ่มคนที่ถูกเลือกก็คือ เซริออน คนรักของ เทพอพอลโลนิอัสที่กลับชาติมาเกิดเช่นกัน