โลกของ Duel Monsters กำลังพัฒนาอีกครั้งด้วยการพัฒนาเครือข่ายที่เรียกว่า Link Vrains และกลไกการเรียกแบบใหม่ที่เรียกว่า Link Summoning ด้วยการใช้ไซเบอร์สเปซนี้ ผู้ดวลสามารถสร้างอวตารของตัวเองและดวลเพื่อชัยชนะในโลกเสมือนจริงได้
อย่างไรก็ตาม เช่นเดียวกับโลกแห่งความเป็นจริง โลกดิจิทัลก็ไม่ได้ปราศจากสงคราม ความขัดแย้ง และความลึกลับ หลายปีก่อน องค์กรแฮกเกอร์ที่รู้จักกันในชื่อ Knights of Hanoi ได้เปิดฉากโจมตี Link Vrains ซึ่งนำโดย Revolver ที่ไม่เปิดเผยตัวตน เป้าหมายของพวกเขาคือการทำลายโปรแกรมปัญญาประดิษฐ์ที่เรียกว่า Cyberse หลังจากความพยายามล้มเหลว หนึ่งในเป้าหมายของพวกเขา Ignis สามารถหลบหนีและซ่อน Cyberse ไว้ที่ไหนสักแห่งในเครือข่ายได้
ห้าปีต่อมา นักเรียนมัธยมปลาย Yuusaku Fujiki พบกับโปรแกรมปัญญาประดิษฐ์ที่แปลกประหลาดในขณะที่ดวลกันใน Link Vrains ภายใต้หน้ากากอวตารที่มีชื่อว่า Playmaker ยูซากุและพันธมิตรร่วมก่ออาชญากรรมของเขา โชอิจิ คุซานางิ ตัดสินใจร่วมมือกันกับสิ่งมีชีวิตประหลาดนี้ ขณะที่เขากำลังค้นหาความจริงเบื้องหลังเหตุการณ์ลึกลับในอดีต ยูซากุต้องต่อสู้กับอัศวินแห่งฮานอยและ SOL Technologies ในการแข่งขันที่อาจเปลี่ยนแปลงชะตากรรมของโลกได้
