เมื่อ 50 ปีก่อน ยักษ์นอกโลกที่รู้จักกันในชื่ออุลตร้าแมนได้ช่วยโลกเอาไว้ แต่กลับหายตัวไป ชิน ฮายาตะ ร่างมนุษย์ของอุลตร้าแมนไม่มีความทรงจำเกี่ยวกับช่วงเวลาที่เขาเคยเป็นฮีโร่เลย ลูกชายตัวน้อยของฮายาตะ ชินจิโร่ เกิดมาพร้อมกับร่างกายที่แข็งแกร่งและทนทานกว่ามนุษย์ทั่วไป องค์กรที่ช่วยเหลืออุลตร้าแมนอย่าง SSSP ได้เปิดเผยอดีตของฮายาตะให้เขาฟัง จากนั้นพ่อของเขาก็สวมชุดพลังอีกครั้งและสวมบทบาทเป็นอุลตร้าแมนอีกครั้ง
คืนหนึ่ง ชินจิโร่ถูกเอเลี่ยนชื่อเบมูลาร์โจมตี และได้รับการช่วยเหลือจากพ่อของเขาซึ่งได้รับบาดเจ็บสาหัสจากการต่อสู้ ด้วยเอเลี่ยนอันตรายที่แฝงตัวอยู่ในเมืองและฮายาตะไม่สามารถทำหน้าที่ได้ ชินจิโร่จึงต้องเป็นผู้สานต่อภารกิจนี้ แต่ในขณะที่ทำงานร่วมกับ SSSP ในฐานะอุลตร้าแมนคนใหม่ ชินจิโร่ก็เริ่มสงสัยว่าเขาเต็มใจที่จะช่วยเหลือผู้คนได้ไกลแค่ไหน
