เนินเขาสีเขียวและมหาสมุทรสีน้ำเงินเข้มบนโลกเคยถูกเปลี่ยนให้เป็นดินแดนรกร้างว่างเปล่าจากการโจมตีอย่างไม่ลดละของระเบิดดาวเคราะห์จากจักรวรรดิกามิลัสที่ขยายอำนาจ ในปี 2199 มนุษย์ได้ล่าถอยไปยังเมืองใต้ดินเพื่อหนีจากรังสี
อย่างไรก็ตาม ความหวังทั้งหมดไม่ได้สูญสิ้น เพราะดาวอิสกันดาร์ที่อยู่ห่างไกลได้เสนอทางออกสุดท้ายให้กับโลก นั่นคือระบบคอสโมรีเวิร์สที่สามารถฟื้นฟูพื้นผิวโลกที่โดนรังสีได้ ในความพยายามอย่างสิ้นหวังเพื่อกอบกู้เทคโนโลยีนี้จากอิสกันดาร์ กองกำลังป้องกันโลกได้ทุ่มทรัพยากรที่เหลือลงในยามาโตะ ซึ่งเป็นเรือรบที่ทันสมัยและล้ำสมัยที่ติดตั้งเครื่องยนต์เวฟโมชั่นพลังงานไม่สิ้นสุด
ตั้งแต่ผู้มีความสามารถรุ่นเยาว์ เช่น เจ้าหน้าที่ยุทธวิธี ซูซูมุ โคได ไปจนถึงทหารผ่านศึกที่เชี่ยวชาญ เช่น กัปตันจูโซ โอคิตะ ลูกเรือของยามาโตะประกอบด้วยบุคคลจำนวนมาก ซึ่งล้วนมีประสบการณ์ที่แตกต่างกันในสนามรบ แม้จะมีความแตกต่างกัน แต่เป้าหมายเดียวที่ทำให้พวกเขาเป็นหนึ่งเดียวกันก็คือการบรรลุเป้าหมายการเดินทางอันตรายระยะทาง 168,000 ปีแสงไปยังอิสกันดาร์และช่วยมนุษยชาติจากหายนะที่ใกล้เข้ามา
