สองปีผ่านไปตั้งแต่การบุกโจมตีอันเตกุของ CCG แม้ว่าบรรยากาศในโตเกียวจะเปลี่ยนไปอย่างมากเนื่องจากอิทธิพลที่เพิ่มขึ้นของ CCG แต่ผีปอบก็ยังคงสร้างปัญหาต่อไป เนื่องจากพวกมันเริ่มระมัดระวังมากขึ้น โดยเฉพาะองค์กรก่อการร้าย Aogiri Tree ที่ยอมรับว่า CCG กำลังคุกคามการดำรงอยู่ของพวกมันมากขึ้น
การก่อตั้งทีมพิเศษที่เรียกว่า Quinx Squad อาจช่วยให้ CCG มีแรงผลักดันที่จำเป็นในการกำจัดผู้อยู่อาศัยที่ไม่ต้องการในโตเกียว ในฐานะมนุษย์ที่ต้องเข้ารับการผ่าตัดเพื่อใช้ความสามารถพิเศษของผีปอบ พวกมันเข้าร่วมในปฏิบัติการเพื่อกำจัดสิ่งมีชีวิตอันตราย หัวหน้ากลุ่มนี้คือ ไฮเสะ ซาซากิ ซึ่งเป็นลูกครึ่งผีปอบและมนุษย์ ซึ่งได้รับการฝึกฝนจากนักสืบคลาสพิเศษชื่อดัง คิโช อาริมะ อย่างไรก็ตาม ชายหนุ่มคนนี้ยังมีอะไรมากกว่าที่เห็น เมื่อความทรงจำที่ไม่รู้จักค่อยๆ ผุดขึ้นมาในจิตใจของเขา ทำให้เขานึกถึงตัวตนในอดีตของเขาอย่างช้าๆ
