Academy City เป็นผู้นำในด้านความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดยเป็นที่รู้จักดีที่สุดในด้านการพัฒนาพลังพิเศษ ซึ่งก็คือผู้ที่สามารถใช้พลังเหนือมนุษย์ที่สามารถเปลี่ยนแปลงกฎของความเป็นจริงได้ ผู้ที่มีพลังพิเศษสูงสุดคือ Level 5 และผู้ที่รู้จักกันในชื่อ Accelerator ซึ่งครองตำแหน่งสูงสุด แม้จะได้รับบาดเจ็บที่สมองอย่างรุนแรง ข้างกายของเขามีเด็กสาวที่รู้จักกันในชื่อ Last Order ซึ่งแม้จะมีนิสัยเย็นชา แต่เขาก็ยังกอดเธอไว้แน่นและสาบานว่าจะปกป้องเธอไม่ว่าจะต้องแลกด้วยอะไรก็ตาม
แม้ว่า Accelerator อาจจะกำลังฟื้นตัวจากอาการบาดเจ็บ แต่ด้านมืดของ Academy City ก็ไม่เคยหยุดพักเลย ดังนั้นเขาจึงพบว่าตัวเองเข้าไปพัวพันกับความขัดแย้งครั้งใหม่โดยไม่เต็มใจ เมื่อหญิงสาวลึกลับเข้าหา Accelerator เพื่อตามล่า Last Order ผู้มีพลังพิเศษระดับสูงสุดต้องเผชิญหน้ากับองค์กรพิษที่หยั่งรากลึกใน Anti-Skill ซึ่งเป็นองค์กรรักษาสันติภาพของ Academy City ด้วยกองกำลังอันตรายที่เคลื่อนตัวเข้ามาคุกคามและคุกคาม Last Order และน้องสาวของเธอ ผู้ร้ายที่ประกาศตนว่าเป็นผู้ร้ายเตรียมที่จะก้าวเข้าสู่ความมืดมิดอีกครั้ง
