“การต่อสู้ครั้งสุดท้ายกับดินแดนแห่งความมืดยังคงดำเนินต่อไป โดยผู้เล่นจากทั่วทุกมุมโลกต่างหลั่งไหลเข้ามาในเซิร์ฟเวอร์ของ Underworld และทำให้จักรวรรดิมนุษย์ตกอยู่ในความโกลาหลอย่างที่สุด Asuna Yuuki และเพื่อนๆ ของเธอปกป้องพันธมิตรใหม่ด้วยทุกสิ่งที่พวกเขามี แต่จำนวนของพวกเขากำลังลดลง ในขณะเดียวกัน Alice Zuberg มุ่งหน้าไปยังแท่นบูชาแห่งโลกสิ้นสุดในขณะที่ Gabriel “”Vecta”” Miller ไล่ตามเธออย่างไม่ลดละ
ในขณะเดียวกัน สมาชิกของ Rath วางแผนกลยุทธ์เพื่อพยายามฟื้นฟูแสงฟลักซ์ที่เสียหายของ Kirito อย่างไรก็ตาม ผู้บุกรุกที่ครอบครองห้องควบคุมหลักมีแผนอื่น เมื่อถูกล้อมรอบด้วยความตายและความสิ้นหวัง เมื่อความหวังทั้งหมดดูเหมือนจะสูญสิ้น เสียงหนึ่งก็ส่งไปถึง Kirito ซึ่งเป็นเสียงที่คุ้นเคยที่บอกว่า “”ฉันจะอยู่เคียงข้างคุณเสมอ””
Sword Art Online: Alicization – War of Underworld ซีซั่นที่ 2เป็นบทสรุปอันยิ่งใหญ่ของความฝันของ Akihiko Kayaba ในการสร้างปัญญาประดิษฐ์ของมนุษย์ ตอนนี้เป็นหน้าที่ของคิริโตะและเพื่อนๆ ของเขาที่จะปกป้องโลกที่กำลังล่มสลายนี้จากผู้คนที่ยังคงคิดว่ามันเป็นเพียงแค่เกม”
