อิตโทกิ ซากุราบะ ไม่เข้าใจว่าทำไมแม่ ลุง และเพื่อนสมัยเด็กของเขา โคเซ็ตสึ ถึงดูเหมือนจะให้ความสำคัญกับความปลอดภัยของเขามากขนาดนั้น โคเซ็ตสึติดตามและสังเกตเขาอย่างต่อเนื่องโดยไม่สนใจความเป็นส่วนตัวของเขา แต่มุ่งความสนใจเพียงแต่ความปลอดภัยของเขาในทุกช่วงเวลาที่ตื่นอยู่ แต่การไล่ตามอย่างต่อเนื่องเริ่มมีเหตุผลเมื่อซาโตมิ ซึบากิ นักเรียนชั้นมัธยมปลายปีที่ 2 ที่น่ารักน่าชังชวนอิตโทกิออกเดท แม้จะบริสุทธิ์ แต่ความตั้งใจที่แท้จริงของซึบากิก็ปรากฏชัดเจนในไม่ช้าเมื่ออิทโทกิมาเยี่ยมบ้านของเธอ เธอวางแผนที่จะลอบสังหารเขา และเธอไม่ได้อยู่คนเดียว ที่น่าแปลกใจก็คือ คนที่เข้ามาช่วยเหลือเขาคือลุงของเขาและผู้ที่สวมชุดนินจาสีดำอันอันตราย
หลังจากที่อิทโทกิถูกนำตัวไปยังที่ปลอดภัย แม่ของเขาได้เปิดเผยความจริงว่าเขาคือทายาทรุ่นที่ 19 ของตระกูลนินจาผู้สูงศักดิ์ที่รู้จักกันในชื่ออิงะ และเป็นเป้าหมายการลอบสังหารโดยตระกูลคู่แข่งอย่างโคกะ เพื่อปกป้องตัวเองจากภัยคุกคามใหม่นี้ อิทโทกิต้องฝึกฝนทักษะของเขาในสถาบันนินจาแห่งเดียวที่เหลืออยู่ในญี่ปุ่น: สถาบันนินจาโคคุเทน
