Rail Wars!เป็นเรื่องราวในจักรวาลคู่ขนานที่รัฐบาลญี่ปุ่นยังคงควบคุมระบบรถไฟของประเทศ เนื่องจากความมั่นคงที่รัฐบาลมอบให้ ระบบรถไฟจึงได้รับอนุญาตให้เจริญรุ่งเรือง
นาโอโตะ ทาคายามะใฝ่ฝันที่จะเป็นพนักงานของ Japan National Railways เนื่องจากชีวิตที่สะดวกสบายที่จะช่วยให้เขาใช้ชีวิตได้ เพื่อบรรลุเป้าหมายนี้ เขาจึงเข้าร่วมโครงการฝึกอบรม ซึ่งนักเรียนจะต้องแสดงความรู้เกี่ยวกับรถไฟ รวมถึงความสามารถในการเตรียมพร้อมรับมือกับความท้าทายใดๆ ที่อาจเกิดขึ้น
ในช่วงเวลานี้ เขาจะได้พบกับนักเรียนคนอื่นๆ เช่น อาโออิ ซากุระ ผู้มีพรสวรรค์ด้านกีฬา อิวาอิซูมิ โช ผู้หิวโหยตลอดเวลา และฮารุกะ โคมิ สารานุกรมมนุษย์ พวกเขาจะร่วมมือกันเพื่อเอาชีวิตรอดในช่วงฝึกงาน โดยต้องรับมือกับพวกขโมยกระเป๋า ภัยคุกคามจากระเบิด และกลุ่มหัวรุนแรง “RJ” ที่ต้องการแปรรูประบบรถไฟ
