ทุกๆ วันอายะ อาซากิริก็คิดที่จะฆ่าตัวตาย เธอถูกกลั่นแกล้งอย่างไม่ลดละที่โรงเรียน และที่บ้าน พี่ชายของเธอ คานาเมะ ก็ทำร้ายร่างกายเธอเพื่อบรรเทาความเครียดทางการเรียนที่ได้รับจากพ่อของพวกเขา
คืนหนึ่ง ขณะที่เธอนอนไม่หลับเพราะหวังความตาย ก็มีเว็บไซต์ลึกลับชื่อว่า Magical Girl Site ปรากฏขึ้นบนคอมพิวเตอร์แล็ปท็อปของเธอ โดยสัญญาว่าจะมอบพลังวิเศษให้กับเธอ ในตอนแรกเธอคิดว่าเป็นเรื่องตลกน่าขนลุก แต่เมื่อเธอพบปืนวิเศษในตู้เก็บรองเท้าของเธอในวันรุ่งขึ้น เธอจึงไม่รู้ว่าจะเชื่ออะไรดี เธอตัดสินใจที่จะเอามันไปด้วย แต่ในไม่ช้าเธอก็ต้องเผชิญกับคนรังแกเธออีกครั้ง แต่คราวนี้ เธอสิ้นหวังกับทุกสิ่งอย่างเพื่อช่วยเธอ เธอจึงใช้ปืน และผู้ที่ทำร้ายเธอก็ถูกพาตัวไปที่ทางแยกทางรถไฟที่อยู่ใกล้เคียง ซึ่งพวกเขาถูกรถชน
จิตสำนึกของอายะไม่สามารถรับมือกับความจริงที่ว่าเธอฆ่าเพื่อนร่วมชั้นเรียนสองคนด้วยเวทมนตร์ได้ และเธอพยายามอย่างสุดความสามารถเพื่อแก้ไขสถานการณ์ อย่างไรก็ตาม เมื่อเธอพบว่าตัวเองตกอยู่ในปัญหาอีกครั้ง เธอได้รับการช่วยเหลือจากสึยูโนะ ยัตสึมูระ เพื่อนร่วมชั้นผู้สามารถใช้เวทมนตร์หยุดเวลาได้ ทั้งคู่มีภารกิจให้ทำมากมาย ไม่ใช่แค่ต้องต่อสู้เคียงข้างและต่อต้านสาวน้อยเวทมนตร์คนอื่นเท่านั้น แต่พวกเขายังต้องเปิดเผยความจริงเบื้องหลังเว็บไซต์และเหตุการณ์วันสิ้นโลกที่รู้จักกันในชื่อ “The Tempest” อีกด้วย นั่นกำลังจะเกิดขึ้นเร็วๆ นี้
