หลังจากที่ทีม Little Busters แพ้เกมเบสบอลเกมแรก ทีมก็ตัดสินใจจัดงานปาร์ตี้แพนเค้ก ผ่านไปเกือบหนึ่งภาคเรียนแล้วนับตั้งแต่ Kyousuke Natsume กลับมา เช่นเคย ริกิ นาโอเอะยังคงช่วยเหลือเหล่า Little Busters ต่อไป สมาชิกทั้งเก่าและใหม่กับการเผชิญหน้ากับการต่อสู้ภายในของตนเอง อย่างไรก็ตาม เหตุการณ์ประหลาดเริ่มเกิดขึ้น ทำให้ Rin Natsume และ Riki เข้าใกล้การเปิดเผยความจริงเบื้องหลัง “ความลับของโลกนี้” มากขึ้น
แต่ Rin กับ Rikki ก็ไม่รู้เลยว่าการค้นพบนี้จะทำให้ชีวิตประจำวันอันสงบสุขที่เหล่า Little Busters สร้างขึ้นต้องเปลี่ยนแปลงไปอย่างสิ้นเชิง Little Busters!: Refrain เป็นบทสรุปเรื่องราวหลากสีสันของเหล่านักแสดง ซึ่งสร้างขึ้นด้วยความรู้สึกที่หนักหน่วงและเสริมความแข็งแกร่งด้วยสายสัมพันธ์แห่งมิตรภาพ ในขณะที่พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับความเสียใจและจุดอ่อนของตนเอง
