หลังจากทำลายโลกไปเมื่อหลายปีก่อน เผ่าพันธุ์ต่างดาว Gauna ก็ได้ไล่ตามเศษซากของมนุษย์ที่หลงเหลืออยู่ ซึ่งหลังจากที่หลบหนีมาได้อย่างหวุดหวิดก็ได้หลบหนีข้ามกาแล็กซีมาโดยยานขนส่งเมล็ดพืชขนาดยักษ์หลายลำ ในปี 3394 นากาเตะ ทานิคาเซะ โผล่ขึ้นมาจากการที่เขาเก็บตัวมาตลอดชีวิตใต้เรือเมล็ดพันธุ์ซิโดเนีย เพื่อค้นหาอาหารในชั้นบน แต่กลับพบว่าตัวเองถูกดึงเข้าไปในเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นโดยที่เขาไม่รู้ตัว
เมื่อ Gauna เริ่มโจมตี Sidonia เป็นหน้าที่ของ Tanikaze— พร้อมด้วยความช่วยเหลือจากเพื่อนทหารและเพื่อนๆ ของเขาอย่าง Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose และ Yuhata Midorikawa— ในการปกป้องความหวังสุดท้ายของมนุษยชาติในการเอาชีวิตรอดและเอาชนะศัตรูต่างดาวของพวกเขา Sidonia no Kishi เป็นเรื่องราวของทานิกาเซะที่ค้นพบโลกที่อยู่เหนือเขามาตลอดชีวิต และกลายมาเป็นฮีโร่ที่ซิโดเนียต้องการ
