ค.ศ. 2016 รากฐานของมนุษยชาติถูกเผาทำลายโดยกษัตริย์โซโลมอนผู้เป็นจอมเวทย์ Chaldea ซึ่งเป็นองค์กรผู้ใช้เวทมนตร์ลับที่มีภารกิจในการปกป้องอนาคตของมนุษยชาติ ได้ทำนายการสูญพันธุ์ของมนุษยชาติในปี 2015 จึงได้เริ่มปฏิบัติการซ่อมแซมจุดเอกฐานในประวัติศาสตร์ที่เกิดจากจอกศักดิ์สิทธิ์ที่กระจัดกระจายไปตามกาลเวลาและอวกาศ ‘ปฏิบัติการแกรนด์ออร์เดอร์’
โดยใช้เทคโนโลยีเดินทางข้ามเวลา Rayshift อาจารย์คนสุดท้ายของ Chaldea Ritsuka Fujimaru และคนรับใช้ครึ่งคนของเขา Mash Kyrielight ได้เดินทางและแก้ไข Singularity ทั้ง 6 จุด บัดนี้ พวกเขาออกเดินทางสู่จุดหมายปลายทางที่อันตรายที่สุด: อารยธรรมในยุคแห่งเทพเจ้า ก่อนคริสตศักราช 2655 เมโสโปเตเมีย ไม่นาน ริตสึกะและมาชก็ค้นพบว่าสัตว์ร้ายปีศาจกำลังเดินเพ่นพ่านไปทั่วดินแดน โจมตีผู้คนและสร้างความหวาดกลัวให้กับเมือง ท่ามกลางความโกลาหลและความหวาดกลัว มีแนวป้องกันสุดท้ายของมนุษยชาติซ่อนอยู่ – อูรุก เมืองป้อมปราการที่ทำหน้าที่เป็นแนวหน้าในการต่อสู้กับเหล่าสัตว์ป่า แนวรบนี้ถูกบังคับบัญชาโดยกษัตริย์กิลกาเมซ ราชาแห่งวีรบุรุษ ผู้แสวงหาความช่วยเหลือจากวิญญาณวีรบุรุษ และรับบทเป็นผู้ใช้เวทมนตร์เพื่อปกป้องเมืองของเขา
ริทสึกะและมัชต้องปกป้องอุรุคจากสัตว์วิเศษพร้อมกับกิลกาเมซและคนรับใช้ที่ถูกเรียกออกมา โจมตีและเอาชนะพันธมิตรสามเทพธิดาผู้มีเป้าหมายที่จะกำจัดมนุษยชาติ ขณะเดียวกัน ภัยคุกคามที่ยิ่งใหญ่กว่ากำลังคุกคามอุรุก และเตรียมพร้อมสำหรับการตื่นขึ้น
