ชิโด อิสึกะต้องเผชิญกับอันตรายครั้งใหญ่กว่าที่เคยเนื่องจากเขายังคงเกี่ยวข้องกับราทาโทสคร์ เขาปิดผนึกวิญญาณไปแล้ว 10 ดวง และไอแซค เวสต์คอตต์ หัวหน้ากลุ่ม Deus Ex Machina Industries ในที่สุดก็ตัดสินใจฆ่าชิโดและขโมยพลังของวิญญาณมาเป็นของตัวเอง
เพื่อบรรลุเป้าหมาย ไอแซคประกาศสงครามเต็มรูปแบบกับราทาโทสคร์ บังคับให้องค์กรต้องใช้ทรัพยากรทั้งหมดเพื่อให้แน่ใจว่าชิโดจะอยู่รอด แม้ว่าจะมีจำนวนน้อยกว่าและด้อยกว่าอย่างมาก แต่แสงแห่งความหวังก็ยังคงมีอยู่ในรูปแบบของวิญญาณแห่งกาลเวลา คุรุมิ โทคิซากิ ชิโดต้องปิดผนึกและรับพลังของคุรุมิเพื่อเดินทางย้อนเวลาและเผชิญหน้ากับวิญญาณแห่งต้นกำเนิดซึ่งเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่เริ่มต้นทั้งหมดนี้
