กัปตันซึบาสะเป็นเรื่องราวความรักของเด็กนักเรียนชั้นประถมศึกษาคนหนึ่งที่มีความคิดและความฝันเกี่ยวกับความรักในกีฬาฟุตบอลเป็นหลัก ซึบาสะ โอโซระ วัย 11 ขวบเริ่มเล่นฟุตบอลตั้งแต่ยังเด็กมาก แม้ว่าฟุตบอลจะเป็นเพียงกีฬาเพื่อความบันเทิงสำหรับเพื่อนๆ ของเขา แต่สำหรับเขาแล้ว ฟุตบอลได้พัฒนาไปจนกลายเป็นความหลงใหลอย่างหนึ่ง
เพื่อไล่ตามความฝันให้ดีที่สุดตามความสามารถในชั้นประถมศึกษา ซึบาสะจึงย้ายไปอยู่กับแม่ที่เมืองนันคัตสึ ซึ่งเป็นที่รู้จักกันดีว่ามีทีมฟุตบอลชั้นประถมศึกษาที่ยอดเยี่ยม ถึงแม้ว่าเขาจะเป็นนักเตะที่ดีที่สุดในเมืองเก่าของเขาได้อย่างง่ายดาย แต่เมืองนันคัตสึกลับมีคู่แข่งมากมาย และเขาจะต้องใช้ทักษะและพรสวรรค์ทั้งหมดที่มีเพื่อให้โดดเด่นกว่ากลุ่มคนใหม่ๆ เหล่านี้
เขาไม่ได้เจอแค่คู่แข่งเท่านั้น แต่ยังเจอเพื่อนใหม่ๆ เช่น สาวสวยอย่างซานาเอะ นากาซาวะ และผู้รักษาประตูมากความสามารถอย่างเก็นโซ วาคาบายาชิ ซึ่งมีความหลงใหลเหมือนกับซึบาสะ และจะพิสูจน์ให้เห็นว่าเป็นเพื่อนที่มีค่าที่คอยช่วยผลักดันให้เขาไปถึงความฝัน การเป็นตัวแทนของญี่ปุ่นในการแข่งขันฟุตบอลโลกถือเป็นความฝันสูงสุดของซึบาสะ แต่การจะบรรลุเป้าหมายนี้ได้ต้องอาศัยมากกว่าแค่พรสวรรค์เท่านั้น
