กัปตันซึบาสะเป็นเรื่องราวอันน่าตื่นเต้นของเด็กนักเรียนประถมศึกษาที่มีความคิดและความฝันเกี่ยวกับความรักในฟุตบอลเป็นหลัก ซึบาสะ โอโซระ วัย 11 ขวบ เริ่มเล่นฟุตบอลตั้งแต่ยังเด็กมาก และแม้ว่าส่วนใหญ่แล้วมันจะเป็นเพียงกีฬาเพื่อการพักผ่อนหย่อนใจสำหรับเพื่อนๆ ของเขา แต่สำหรับเขา มันได้พัฒนากลายมาเป็นสิ่งที่เขาหลงใหล
เพื่อไล่ตามความฝันของเขาให้ดีที่สุดตามความสามารถของเขาในชั้นประถมศึกษา ซึบาสะจึงย้ายไปอยู่ที่เมืองนันคัตสึพร้อมกับแม่ของเขา ซึ่งเป็นเมืองที่รู้จักกันดีในเรื่องทีมฟุตบอลโรงเรียนประถมศึกษาที่ยอดเยี่ยม แม้ว่าเขาจะเก่งที่สุดในเมืองเก่าของเขาอย่างไม่ต้องสงสัย แต่ Nankatsu ก็ยังมีคู่แข่งอีกมากมาย และเขาจะต้องใช้ทักษะและพรสวรรค์ทั้งหมดที่มีเพื่อที่จะโดดเด่นกว่าฝูงชนใหม่นี้
เขาไม่เพียงแต่ต้องเจอกับคู่แข่งเท่านั้น แต่ยังต้องเจอกับเพื่อนใหม่ด้วย เช่น สาวสวย ซานาเอะ นากาซาวะ และผู้รักษาประตูมากความสามารถ เก็นโซ วากาบายาชิ ซึ่งมีใจรักในสิ่งเดียวกันกับซึบาสะ และจะพิสูจน์ให้เห็นว่าเป็นเพื่อนที่มีค่าในการช่วยผลักดันเขาให้บรรลุความฝัน การเป็นตัวแทนของญี่ปุ่นในการแข่งขันฟุตบอลโลกถือเป็นความฝันสูงสุดของซึบาสะ แต่การจะบรรลุเป้าหมายนี้ได้นั้นต้องอาศัยมากกว่าแค่พรสวรรค์เท่านั้น
