หลังจากการล่มสลายครั้งสุดท้ายของบาคุกัน นาคาผู้ชั่วร้าย สันติภาพก็กลับคืนสู่เวสทรอยอีกครั้ง ด้วยความช่วยเหลือของ Danma Kuusou, สหายของเขา Pyrus Dragonoid และ Battle Brawlers อื่นๆ Infinity และ Silent Cores ได้ถูกผสานเข้าด้วยกัน และอาณาจักรก็ถูกสร้างขึ้นใหม่
อย่างไรก็ตาม New Vestroia จะไม่ได้รับการพักผ่อนใดๆ เมื่อผู้รุกรานจากต่างดาวที่เป็นมนุษย์อย่างพวก Vestals มาถึงและยึดครองโลก Bakugan ในคราวเดียว พวกเขาติดอาวุธด้วยเครื่องจักรที่น่าสะพรึงกลัวซึ่งสามารถจำกัดบาคุกันให้อยู่ในร่างลูกบอลได้ และมีเป้าหมายที่จะครอบครองเผ่าพันธุ์นี้ไว้เป็นเพียงรูปแบบหนึ่งของความบันเทิง
ขณะนี้ พลังเพียงแรงเดียวที่ขวางทางพวกเขาอยู่ก็คือกลุ่ม Bakugan Battle Brawlers Resistance ซึ่งเป็นกลุ่มมนุษย์ บาคุกัน และเวสทัล ที่ต่อต้านแนวคิดการทำลายล้างเผ่าพันธุ์ที่มีสำนึก ภายใต้การนำของดันมา พวกเขาต้องบุกเบิกไปยังนิวเวสทรอยอาที่ถูกศัตรูยึดครองและขับไล่ผู้รุกรานเพื่อให้แน่ใจว่าโลกทั้งใบจะอยู่รอด
