หลังจากกลับมาจากอาณาจักร Gundalia และ Neathia ที่เป็นศัตรูกัน Danma Kuusou และเพื่อนของเขายังคงดำเนินชีวิตบนโลกต่อไป ตอนนี้หนึ่งปีต่อมา โลกเสมือนจริงของ Bakugan Interspace ได้ฟื้นตัวจากการรุกรานของมนุษย์ต่างดาวในที่สุด และได้กลายเป็นสถานที่สำหรับนักต่อสู้เพื่อมารวมตัวกันและท้าทายตัวเองอีกครั้ง
อย่างไรก็ตาม ปรากฏว่าเมื่อใดก็ตามที่ Pyrus Dragonoid ซึ่งเป็น Bakugan ของ Danma ปลดปล่อยพลังของเขาในการต่อสู้ Interspace จะพบกับการหยุดชะงักครั้งใหม่ ไม่สามารถควบคุมพลังอันเหลือเชื่อที่ Code Eve มอบให้กับเขา – วิญญาณแม่ของ Bakugan – ได้ เขาจึงดิ้นรนเพื่อรักษาการควบคุม Mechtogan ที่อยู่ในตัวเขา เมื่อไม่สามารถควบคุมได้ สิ่งมีชีวิตกลไกลึกลับก็สร้างความหายนะให้กับสนามรบ โดยโจมตีทั้งเพื่อนและศัตรู
ทำให้สถานการณ์เลวร้ายลง Bakugan Interspace เสี่ยงต่อการถูกแทรกซึมอีกครั้ง ผู้บงการที่ไม่รู้จักกำลังส่ง Chaos Bakugan ที่กลายพันธุ์เข้าไปในระบบเพื่อล้างสมองนักต่อสู้และเข้าควบคุมอาณาจักรเสมือนจริง เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการเผชิญหน้าที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ ดันมาต้องหาวิธีที่จะหยุดยั้งกองกำลังทำลายล้างของเมคโทกันและรวบรวมเหล่านักสู้แห่งสมรภูมิอีกครั้ง
