หลังจากกลับมาจากอาณาจักรกุนดาเลียและเนเธียที่เป็นศัตรูกัน ดันมา คูโซวและพวกพ้องก็ดำเนินชีวิตต่อไปบนโลก ตอนนี้ หนึ่งปีต่อมา โลกเสมือนจริงของ Bakugan Interspace ในที่สุดก็ฟื้นตัวจากการรุกรานของมนุษย์ต่างดาว และกลับมาเป็นสถานที่ที่นักต่อสู้มารวมตัวและท้าทายตัวเองอีกครั้ง
อย่างไรก็ตาม ปรากฏว่าเมื่อใดก็ตามที่ Bakugan ของ Damma, Pyrus Dragonoid ปลดปล่อยพลังของเขาในการต่อสู้ Interspace จะประสบกับความปั่นป่วนครั้งใหม่ ไม่สามารถควบคุมพลังอันน่าเหลือเชื่อที่โค้ดอีฟมอบให้เขา – วิญญาณแม่บาคุกัน – ได้ เขาจึงดิ้นรนเพื่อรักษาการควบคุมเมคโทกันที่อยู่ในตัวเขา เมื่อมันหลุดจากการควบคุม สิ่งมีชีวิตจักรกลลึกลับก็สร้างความหายนะให้กับสนามรบ โดยโจมตีทั้งเพื่อนและศัตรู
แย่ไปกว่านั้น Bakugan Interspace ยังมีความเสี่ยงที่จะถูกแทรกซึมอีกครั้ง ผู้วางแผนที่ไม่รู้จักกำลังส่ง Chaos Bakugan ที่กลายพันธุ์เข้าสู่ระบบเพื่อล้างสมองนักสู้และยึดครองอาณาจักรเสมือนจริง เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการเผชิญหน้าอันหลีกเลี่ยงไม่ได้ ดัมมาต้องหาวิธีที่จะรักษาพลังทำลายล้างของ Mechtogan เอาไว้และรวบรวมเหล่านักสู้รบอีกครั้ง
