เมื่อ “ไซเรน” กองกำลังต่างดาวที่มีคลังอาวุธเหนือกว่าเทคโนโลยีในปัจจุบัน ปรากฏตัวขึ้นอย่างกะทันหัน มนุษยชาติที่แตกแยกก็ยืนหยัดเป็นน้ำหนึ่งใจเดียวกันอย่างสมบูรณ์เป็นครั้งแรก สี่ประเทศอย่าง Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire และ Iron Blood ก่อตั้ง Azur Lane ขึ้นและปูทางไปสู่การพัฒนาสงครามยุคใหม่ ซึ่งนำไปสู่ชัยชนะเบื้องต้นเหนือภัยคุกคามร่วมกัน อย่างไรก็ตาม สหภาพที่ไม่มั่นคงนี้กลับถูกคุกคามจากอุดมคติที่ขัดแย้งกัน ทำให้พันธมิตรแตกออกเป็นสองฝ่าย จักรวรรดิซากุระและเลือดเหล็กแตกออกและก่อตั้งเป็นแกนแดง และมนุษยชาติก็แตกแยกอีกครั้ง
ด้วยความเป็นนักสู้ที่มากประสบการณ์และช่ำชอง “Grey Ghost” Enterprise แบกรับความหวังของ Azur Lane ในการยุติสงคราม แต่ภายใต้บุคลิกที่เข้มแข็งของเธอนั้น ซ่อนความเป็นหญิงสาวที่อ่อนแอและหวาดกลัวมหาสมุทรเอาไว้ แม้กระนั้นเธอก็ยังคงต่อสู้ต่อไป เพราะเธอเชื่อว่านั่นคือจุดมุ่งหมายเดียวในการดำรงอยู่ของเธอ ในระหว่างนั้น Javelin, Laffey และ Unicorn ซึ่งเป็นเรือสามลำจากสหภาพ ได้ไปพบกับ Ayanami ซึ่งเป็นสายลับจากฝ่าย Red Axis แม้ว่ามันอาจจะดูแปลก แต่พวกเขาพยายามที่จะเป็นมิตรกับเธอ แต่ในฐานะศัตรู ความพยายามของพวกเขาก็ไร้ผล แต่พวกเขาก็ยังคงอดทนเพื่อหวังว่าจะประสบความสำเร็จสักวันหนึ่ง
ท่ามกลางความขัดแย้งที่ไม่มีวันสิ้นสุดภายในมนุษยชาติ กุญแจสำคัญที่สามารถรวมเผ่าพันธุ์ที่แตกแยกเข้าด้วยกันอาจมีอยู่ นั่นก็คือ ทหารที่ต้องยอมรับกับบุคลิกอันลึกลับของเธอและมิตรภาพระหว่างผู้ที่มีอุดมคติที่แตกต่างกัน
