เนื่องจากระดับน้ำทะเลเพิ่มขึ้นอย่างมาก มนุษย์ต้องสูญเสียพื้นที่ที่อยู่อาศัยไปเป็นจำนวนมาก ทำให้ต้องพึ่งพาเทคโนโลยีที่มีอยู่เดิมเพื่อความอยู่รอด ในบรรดาผู้คนมากมายที่ได้รับผลกระทบจากโศกนาฏกรรมนี้ นัตสึกิ อิคารูกะ นักศึกษาจบใหม่ผู้มีสติปัญญาเฉียบแหลมซึ่งสูญเสียขาข้างหนึ่งไปจากอุบัติเหตุเรือดำน้ำ ขณะนี้ต้องใช้ชีวิตอย่างน่าสังเวชบนเกาะที่แทบจะร้างผู้คน
หลังจากที่นัตสึกิพบกับหญิงสาวลึกลับชื่อแคเธอรีน เขาได้ค้นพบหุ่นยนต์คล้ายมนุษย์ขั้นสูงที่เป็นของยายของเขา นอนโกะ นักอุตุนิยมวิทยาชื่อดัง อาตรี หุ่นยนต์กู้ภัยที่มีรูปร่างและกิริยาเหมือนเด็กสาว เปิดเผยกับนัตสึกิว่านอนโกะได้มอบหมายภารกิจสำคัญให้กับเธอ แต่เธอก็ลืมภารกิจนั้นไปแล้ว
แม้ว่าในตอนแรกนัตสึกิวางแผนที่จะขาย Atri แต่โอกาสที่จะเชื่อมโยงกับการวิจัยของยายของเขาผ่านทาง Atri ทำให้เขาต้องคิดทบทวนการตัดสินใจของเขาอีกครั้ง ครั้งหนึ่ง นัตสึกิต้องเสียสละความฝันของเขาเพื่อเข้าร่วมภารกิจทางวิทยาศาสตร์อันทรงเกียรติ แต่เมื่อเขาเปิดใจให้กับเพื่อนร่วมเกาะ เขาก็ได้ค้นพบว่าเขาสามารถสร้างความแตกต่างให้กับโลกที่รกร้างแห่งนี้ได้
