เมื่อกลับมาจากปิดเทอมฤดูร้อน นักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 3-E ของโรงเรียนมัธยมต้น Kunugigaoka อันทรงเกียรติพบว่าตนเองต้องเผชิญกับอุปสรรคที่ยากจะเอาชนะ เมื่อเผชิญกับความเป็นไปได้ที่จะเกิดการล่มสลายของโลก นักเรียนจะต้องคิดหาวิธีที่ซับซ้อนและสร้างสรรค์มากขึ้นในการฆ่าครูของพวกเขา อาจารย์โคโระเซ็นเซที่เจ้าเล่ห์แต่ก็มองโลกในแง่ดีและชอบช่วยเหลือผู้อื่น
อย่างไรก็ตาม การกำจัดโคโระเซ็นเซย์ไม่ใช่เป้าหมายเดียวที่นักเรียนต้องกังวล กะคุโฮ อาซาโนะ ผู้อำนวยการโรงเรียนที่โหดร้ายและไร้ความปราณี พยายามขัดขวางความสำเร็จของห้อง 3-E โดยการล้างสมองลูกศิษย์คนอื่นที่ทำงานหนักของเขาให้กลายเป็นเครื่องจักรการเรียนรู้ที่แข่งขันกันอย่างไร้ความปราณี ความเป็นศัตรูเริ่มแผ่กระจายไปในอากาศในขณะที่ทั้งผู้ทรยศและฆาตกรพยายามเรียกร้องค่าหัวของโครเซ็นเซย์เป็นของตัวเอง
นางิสะ ชิโอตะ หนึ่งในนักฆ่าที่เก่งกาจที่สุดของห้อง 3-E พบว่าตัวเองอยู่ท่ามกลางความขัดแย้ง ในขณะที่เขาทำงานเพื่อรักษาสถานภาพทางวิชาการของเขาและป้องกันไม่ให้โลกแตกสลาย กิจการภายในประเทศก็กำลังคุกคามตำแหน่งของเขาในชั้นประถมศึกษาปีที่ 3-E เขาต้องเผชิญกับภัยคุกคามอย่างตรงไปตรงมาร่วมกับเพื่อนร่วมชั้นที่ทุ่มเทของเขา
