เมื่อกลับมาจากวันหยุดฤดูร้อน นักเรียนชั้น 3-E ของโรงเรียนมัธยมคุนุกิโอกะอันทรงเกียรติพบว่าพวกเขาต้องเผชิญกับอุปสรรคที่ยากจะเอาชนะได้ เมื่อเผชิญกับความเป็นไปได้ที่โลกจะล่มสลาย นักเรียนจะต้องคิดหาวิธีที่ซับซ้อนและสร้างสรรค์มากขึ้นในการฆ่าครูของพวกเขา อาจารย์โคโระเซ็นเซที่เจ้าเล่ห์แต่ก็มองโลกในแง่ดีและชอบช่วยเหลือผู้อื่น
อย่างไรก็ตาม การกำจัดอาจารย์โคโระเซ็นเซไม่ใช่เป้าหมายเดียวที่นักเรียนต้องกังวล กาคุโฮ อาซาโนะ ผู้อำนวยการโรงเรียนที่ไร้ความปราณีและโหดร้าย พยายามขัดขวางความสำเร็จของนักเรียนชั้น 3-E ด้วยการล้างสมองนักเรียนที่ทำงานหนักคนอื่นๆ ของเขาให้กลายเป็นเครื่องจักรการเรียนรู้ที่แข่งขันกันอย่างโหดร้าย ความเป็นปฏิปักษ์เริ่มแผ่กระจายในอากาศเมื่อทั้งผู้ทรยศและฆาตกรพยายามเรียกร้องค่าหัวของอาจารย์โคโระเซ็นเซเป็นของตนเอง
นางิสะ ชิโอตะ หนึ่งในนักฆ่าฝีมือฉกาจที่สุดของห้อง 3-E พบว่าตัวเองอยู่ท่ามกลางความขัดแย้ง ขณะที่เขาพยายามรักษาสถานะทางวิชาการของตนและป้องกันไม่ให้โลกแตกสลาย กิจการภายในก็กำลังคุกคามตำแหน่งของเขาในห้อง 3-E เขาต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามอย่างตรงไปตรงมาร่วมกับเพื่อนร่วมชั้นที่ทุ่มเทของเขา
