ในปี 2035 ได้เกิดเหตุการณ์ที่เรียกว่า “The Burst” เกิดขึ้นที่ศูนย์วิจัยของญี่ปุ่น ซึ่งเป็นแหล่งกำเนิด “สสาร” ที่ขยายตัวอย่างรวดเร็ว บริโภค และขยายพันธุ์ตนเอง Matter ซึ่งเป็นศัตรูค่อยๆ เลื้อยผ่านซากปรักหักพังของเขื่อนและสิ่งอำนวยความสะดวกทางทหารในหุบเขาคุโรเบะ และถูกล้อมโจมตีโดยกองกำลังเฉพาะกิจที่พยายามป้องกันไม่ให้มันไหลลงสู่มหาสมุทร และถูกทหารรับจ้างที่กำลังแสวงหาความจริงเบื้องหลังการดำรงอยู่ของมัน
ไอโกะ ทาจิบานะ ต้องใช้ชีวิตภายใต้การดูแลของแพทย์ตลอดเวลา หลังจากได้รับการช่วยเหลือจากแมทเทอร์ เธอใช้เวลาทั้งวันในการรอให้หายป่วยโดยการประดิษฐ์เครื่องบินกระดาษ ในไม่ช้า ชีวิตประจำวันของเธอที่โรงเรียนก็ต้องหยุดชะงักเนื่องจากการมาถึงของนักเรียนย้ายมาใหม่ ยูยะ คันซากิ ซึ่งเริ่มชี้ให้เห็นความไม่สอดคล้องกันหลายประการเกี่ยวกับร่างกายของเธอ เหตุใดเธอไม่เคยได้รับบาดเจ็บเลย และเหตุใดเธอจึงไม่ต้องใช้รถเข็นอีกต่อไป เขาอ้างว่าการดำรงอยู่ของเธอมีมากกว่าที่เธอถูกทำให้เชื่อ และเธอเพียงผู้เดียวที่ถือครองกุญแจสำคัญในการยุติ The Burst
ขณะนี้มีหลายกลุ่มที่สนใจไอโกะ เธอและยูยะต้องรวบรวมพันธมิตรและออกเดินทางแสวงบุญอันตรายสู่ใจกลางหุบเขาที่เต็มไปด้วยแมลงก่อนที่ตาข่ายจะปิดล้อมพวกเขา เพื่อหลบหนีการสมคบคิดต่อต้านพวกเขา ทั้งคู่ต้องเผชิญหน้ากับแมทเทอร์ ซึ่งเป็นศัตรูที่ไหลเหมือนน้ำ
