ริวตะ มูราคามิ ผู้ไม่เชื่ออะไรง่ายๆ และคุโรเนโกะ ผู้ทะเยอทะยาน ออกเดินทางเพื่อพิสูจน์การมีอยู่ของสิ่งมีชีวิตนอกโลก แต่แล้วอุบัติเหตุอันน่าสลดใจก็เกิดขึ้น ส่งผลให้คุโรเนโกะต้องสูญเสียชีวิต และเรียวตะได้รับบาดเจ็บสาหัส
สิบปีผ่านไปนับตั้งแต่เกิดภัยพิบัติ และตอนนี้ริวตะก็ใช้ชีวิตปกติในโรงเรียนมัธยม เขาสาบานว่าจะพิสูจน์ว่ามนุษย์ต่างดาวมีอยู่จริง เพื่อเป็นเกียรติแก่เพื่อนผู้ล่วงลับของเขา วันหนึ่ง นักเรียนที่ย้ายมาใหม่ชื่อเนโกะ คุโรฮะ ปรากฏตัวขึ้นโดยไม่คาดคิด เธอมีหน้าตาที่คล้ายกับคุโรเนโกะมาก แถมยังมีชื่อคล้ายกันด้วย สิ่งที่ลึกลับที่สุดคือเธอดูเหมือนจะมีพลังเหนือธรรมชาติ
เมื่อริวตะสนใจเนโกะมากขึ้น เขาก็ถูกดึงเข้าสู่โลกที่อันตรายซึ่งนักวิทยาศาสตร์อันตรายออกตามล่าแม่มดผู้ใช้เวทมนตร์ที่หลบหนีจากห้องทดลองวิจัยลับของพวกเธอ เนโกะเป็นหนึ่งในผู้หลบหนี แต่ยังมีอีกหลายคนที่อยู่ในสถานการณ์เดียวกัน และขึ้นอยู่กับเรียวตะที่จะปกป้องพวกเขาจากผู้ที่พยายามจะจับตัวไป
