เวทมนตร์องเมียวโดเคยเป็นเทคนิคอันทรงพลังที่ชาวญี่ปุ่นใช้ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองเพื่อที่พวกเขาจะได้เปรียบและสร้างชาติให้แข็งแกร่ง แต่ญี่ปุ่นก็พ่ายแพ้อย่างรวดเร็วหลังจากที่องเมียวจิ ยาโค ซึจิมิคาโด ผู้เป็นที่เคารพนับถือก่อให้เกิด “ภัยพิบัติทางจิตวิญญาณครั้งใหญ่” ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่สร้างความเดือดร้อนให้กับโตเกียวจนถึงทุกวันนี้ จากเหตุการณ์นี้ หน่วยงานองเมียวจึงถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อขับไล่ภัยพิบัติทางจิตวิญญาณและต่อสู้กับปีศาจที่จะเข้ามาในโลก
ปัจจุบัน องเมียวโดมีความทันสมัยมากขึ้น เรียบง่ายขึ้น และได้รับการปรับปรุงให้สามารถนำไปใช้ในแอปพลิเคชันต่างๆ เช่น การแพทย์และเทคโนโลยีได้ อย่างไรก็ตาม ไม่ใช่ทุกคนจะสามารถใช้เวทมนตร์ได้ เช่นเดียวกับกรณีของฮารุโทระ สมาชิกของครอบครัวสาขาซึจิมิคาโด แม้จะมีคำสัญญาเก่าๆ ว่าจะปกป้องนัตสึเมะ ทายาทของตระกูลหลักของสึจิมิคาโดะ และยาโคที่กลับชาติมาเกิดใหม่ในฐานะคนสนิทของเธอ แต่ฮารุโทระกลับไม่มีพรสวรรค์และเลือกที่จะใช้ชีวิตปกติแทน แต่เมื่อสมาชิกคนสำคัญของหน่วยงาน Onmyou พยายามสร้างการทดลองเดียวกันที่ทำให้ญี่ปุ่นล่มสลายขึ้นมาใหม่ เขาจึงตัดสินใจทำตามคำพูดของตัวเองและต่อสู้เคียงข้างนัตสึเมะ
