โทมะ คามิโจไม่สามารถพักได้ หลังจากการรุกรานเมืองแห่งการศึกษา ความตึงเครียดทางการเมืองยังคงเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ โดยที่ทั้งฝ่ายวิทยาศาสตร์และเวทมนตร์ปะทะกันอย่างดุเดือด ดูเหมือนว่าเมืองแห่งการศึกษาตั้งใจที่จะประกาศสงครามกับคริสตจักรโรมันคาธอลิก ส่งผลให้ทั้งโลกตกอยู่ในภาวะสงครามโลก ในไม่ช้า โทมะก็พบว่าตัวเองอยู่แนวหน้าอีกครั้ง โดยพยายามปกป้องเพื่อนและพันธมิตรของเขา
Toaru Majutsu no Index III เป็นภาคสุดท้ายของแฟรนไชส์ดั้งเดิม โดยที่โทมะ แอคเซเลเตอร์ และชิอาเกะ ฮามาซึระ เลเวล 0 ตัวจริงยังคงเดินทางแยกกันต่อไป นำไปสู่บทสุดท้ายของซีรีส์ไลท์โนเวลดั้งเดิม
