สงครามรถไฟ! เกิดขึ้นในจักรวาลคู่ขนานที่รัฐบาลญี่ปุ่นยังคงควบคุมระบบรถไฟของประเทศ เพราะเสถียรภาพที่ได้รับจากความเป็นผู้นำของรัฐบาล ระบบรถไฟจึงได้รับอนุญาตให้เจริญรุ่งเรือง
นาโอโตะ ทาคายามะ มีความใฝ่ฝันที่จะเป็นพนักงานของบริษัทรถไฟแห่งชาติญี่ปุ่น เนื่องจากเขารู้สึกว่าชีวิตที่นี่สะดวกสบาย เพื่อที่จะบรรลุเป้าหมายนี้ เขาได้เข้าร่วมโครงการฝึกอบรม ซึ่งนักเรียนจะต้องแสดงให้เห็นถึงความรู้เกี่ยวกับรถไฟ ตลอดจนความสามารถในการเตรียมพร้อมรับมือกับความท้าทายใดๆ ที่อาจเกิดขึ้น
ในช่วงเวลานี้ เขาจะได้พบกับนักเรียนคนอื่นๆ เช่น อาโออิ ซากุระ ผู้มีพรสวรรค์ด้านกีฬา โช อิวาอิซูมิ ผู้หิวโหยตลอดเวลา และฮารุกะ โคมิ สารานุกรมมนุษย์ พวกเขาจะทำงานร่วมกันเพื่อเอาชีวิตรอดในช่วงฝึกงาน โดยต้องรับมือกับพวกขโมยกระเป๋า ภัยคุกคามจากระเบิด และภัยคุกคามจากกลุ่มหัวรุนแรง “RJ” กลุ่มคนที่ต้องการแปรรูประบบรถไฟ
