หลายพันปีก่อน มังกรโบราณบาฮามุทได้สร้างความหายนะให้กับดินแดนมิสตาร์เซีย ซึ่งเป็นโลกที่ทั้งเทพและปีศาจอาศัยอยู่ท่ามกลางมนุษยชาติ เหล่าเทพศัตรูต่างร่วมมือกันป้องกันไม่ให้โลกถูกทำลาย จนสามารถผนึกบาฮามุทได้สำเร็จ โดยตกลงที่จะแยกกุญแจระหว่างพวกเขาเพื่อที่มังกรจะถูกจองจำไว้ชั่วนิรันดร์
เมื่อโลกปลอดภัยจากการทำลายล้างของบาฮามุทแล้ว นักล่าเงินรางวัลอย่างฟาวาโร ลีโอเน่ก็ดำเนินชีวิตต่อไปตามปกติ ฟาวาโรใช้ชีวิตแบบสบายๆ และเห็นแก่ประโยชน์ส่วนตัว โดยเขาทำงานของเขาไปเรื่อยๆ ในขณะที่ต้องหลบหนีจากนักล่าเงินรางวัล ไคซาร์ ลิดฟาร์ด ชายผู้ชอบธรรมที่สาบานจะแก้แค้นฟาวาโร อย่างไรก็ตาม ชีวิตที่ไร้กังวลของฟาวาโรกลับกลายเป็นความโกลาหลเมื่อเขาได้พบกับอามิรา หญิงสาวลึกลับผู้ถือครองครึ่งหนึ่งของกุญแจแห่งสันติภาพอันเปราะบางของโลก
Shingeki no Bahamut: Genesis บอกเล่าเรื่องราวของกลุ่มฮีโร่ที่ไม่มีใครคาดคิด ซึ่งพบว่าตนเองติดอยู่ท่ามกลางการปะทะอันยิ่งใหญ่ระหว่างเทพเจ้าและปีศาจ โดยถูกบังคับให้สร้างเส้นทางของตนเองเมื่อเผชิญกับพายุที่กำลังจะมาเยือน
