ทุกๆ วัน อายะ อาซากิริคิดที่จะฆ่าตัวตาย เธอถูกกลั่นแกล้งอย่างไม่ลดละที่โรงเรียน และที่บ้าน คานาเมะ พี่ชายของเธอทำร้ายร่างกายเธอเพื่อบรรเทาความเครียดทางการเรียนที่พ่อของเธอให้มา
คืนหนึ่ง ขณะที่เธอนอนไม่หลับและภาวนาให้ตาย เว็บไซต์ลึกลับที่ชื่อว่า Magical Girl Site ก็ปรากฏขึ้นในแล็ปท็อปของเธอ โดยสัญญาว่าจะมอบพลังเวทย์มนตร์ให้กับเธอ ในตอนแรก เธอคิดว่าเป็นเรื่องตลกที่น่าขนลุก แต่เมื่อเธอพบปืนวิเศษในตู้เก็บรองเท้าในวันรุ่งขึ้น เธอไม่รู้ว่าจะเชื่ออะไรดี เธอตัดสินใจที่จะเอาปืนไปด้วย แต่ในไม่ช้าเธอก็พบกับผู้รังแกเธออีกครั้ง แต่คราวนี้ เธอสิ้นหวังกับทุกสิ่งเพื่อช่วยเธอ เธอจึงใช้ปืนนั้น และผู้ทำร้ายเธอถูกส่งไปที่ทางแยกทางรถไฟที่อยู่ใกล้เคียง ซึ่งพวกเขาถูกรถชน
จิตสำนึกของอายะไม่สามารถรับมือกับความจริงที่ว่าเธอฆ่าเพื่อนร่วมชั้นสองคนด้วยเวทย์มนตร์ได้ และเธอพยายามอย่างสุดความสามารถที่จะเข้าใจสถานการณ์นี้ อย่างไรก็ตาม เมื่อเธอพบว่าตัวเองมีปัญหาอีกครั้ง เธอได้รับการช่วยเหลือจากซึยูโนะ ยัตสึมูระ เพื่อนร่วมชั้นผู้สามารถใช้เวทมนตร์เพื่อหยุดเวลาได้ ทั้งคู่มีภารกิจมากมายให้ทำ ไม่เพียงแต่พวกเขาต้องต่อสู้เคียงข้างและต่อสู้กับสาวน้อยเวทมนตร์คนอื่นๆ เท่านั้น แต่พวกเขายังต้องเปิดเผยความจริงเบื้องหลังเว็บไซต์และเหตุการณ์วันสิ้นโลกที่รู้จักกันในชื่อ “The Tempest” ที่กำลังจะเกิดขึ้นในไม่ช้านี้ด้วย
