หลังจากทำลายโลกไปเมื่อหลายปีก่อน เผ่าพันธุ์ต่างดาว Gauna ก็ได้ออกตามล่าเศษซากของมนุษย์ที่รอดตายมาได้อย่างหวุดหวิดและหลบหนีข้ามกาแล็กซีด้วยยานเมล็ดพันธุ์ขนาดยักษ์จำนวนหนึ่ง ในปี 3394 นางาเตะ ทานิคาเซะโผล่ขึ้นมาจากความสันโดษตลอดชีวิตใต้ยานเมล็ดพันธุ์ Sidonia เพื่อค้นหาอาหารในชั้นบน แต่กลับพบว่าตัวเองถูกดึงเข้าไปในเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นโดยที่เขาไม่รู้ตัว
เมื่อ Gauna เริ่มโจมตี Sidonia ทานิคาเซะจึงได้ปกป้องความหวังสุดท้ายของมนุษยชาติในการเอาชีวิตรอดและเอาชนะศัตรูต่างดาวด้วยความช่วยเหลือจากเพื่อนทหารอย่าง Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose และ Yuhata Midorikawa Sidonia no Kishiเล่าเรื่องของทานิคาเซะในขณะที่เขาค้นพบโลกที่อยู่เหนือเขามาตลอดชีวิต และกลายมาเป็นฮีโร่ที่ Sidonia ต้องการ
