ค.ศ. 2016 รากฐานของมนุษยชาติถูกเผาทำลายโดยกษัตริย์โซโลมอนแห่งเมจ Chaldea ซึ่งเป็นองค์กรเมจลับที่มีภารกิจรักษาอนาคตของมนุษยชาติ ได้ทำนายการสูญพันธุ์ของมนุษยชาติในปี 2015 ดังนั้น จึงเริ่มปฏิบัติการซ่อมแซมจุดเอกฐานในประวัติศาสตร์ที่เกิดจากจอกศักดิ์สิทธิ์ที่กระจัดกระจายไปตามกาลเวลาและอวกาศ—ปฏิบัติการแกรนด์ออร์เดอร์
โดยใช้เทคโนโลยีเดินทางข้ามเวลาของเรย์ชิฟต์ อาจารย์คนสุดท้ายของ Chaldea ริทสึกะ ฟูจิมารุ และมัช ไครีไลท์ ผู้รับใช้ครึ่งคนครึ่งของเขาได้เดินทางและแก้ไขจุดเอกฐานทั้งหกจุด ตอนนี้ พวกเขาออกเดินทางไปยังจุดหมายปลายทางที่อันตรายที่สุด: อารยธรรมในยุคแห่งเทพ ปี 2655 ก่อนคริสตกาล เมโสโปเตเมีย ริทสึกะและมัชได้ค้นพบในไม่ช้าว่าสัตว์อสูรกำลังเดินเพ่นพ่านไปทั่วแผ่นดิน โจมตีผู้คนและเมืองต่างๆ ท่ามกลางความโกลาหลและความหวาดกลัว ป้อมปราการสุดท้ายของมนุษยชาติก็ซ่อนตัวอยู่ นั่นก็คือเมืองอุรุก เมืองป้อมปราการที่ทำหน้าที่เป็นแนวหน้าในการต่อสู้กับเหล่าอสูรร้าย แนวหน้าของการต่อสู้อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของกษัตริย์กิลกาเมช ราชาแห่งวีรบุรุษ ผู้ซึ่งแสวงหาความช่วยเหลือจากวิญญาณวีรบุรุษและรับบทบาทเป็นผู้ใช้เวทมนตร์เพื่อปกป้องเมืองของเขา
ร่วมกับกิลกาเมชและบริวารที่ถูกเรียกตัวมา ริทสึกะและมาชต้องปกป้องอุรุกจากการโจมตีของเหล่าอสูรร้าย และเอาชนะพันธมิตรเทพีทั้งสามที่มุ่งหมายจะกำจัดมนุษยชาติ ในขณะเดียวกัน ภัยคุกคามที่ยิ่งใหญ่กว่าก็คุกคามอุรุกเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการตื่นขึ้นของมัน
