อาคารรกร้างขนาดเล็กซึ่งตั้งอยู่ท่ามกลางภูเขาใกล้กับโรงเรียนมัธยม Kunugigaoka ซึ่งเป็นโรงเรียนชั้นนำ เป็นที่พักของเด็กเกเรและเด็กที่ออกจากโรงเรียนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 3-E นักเรียนในชั้นเรียนนี้ถูกมองต่ำจากเพื่อนร่วมชั้น จนดูเหมือนไม่มีความหวังที่จะก้าวหน้าทางการศึกษาเลย นั่นคือจนกระทั่งรัฐบาลกลางมอบหมายให้พวกเขากำจัดภัยคุกคามที่ใหญ่ที่สุดต่อโลกของพวกเขา นั่นก็คือครูคนใหม่ของพวกเขา
หลังจากที่ทำลายดวงจันทร์ไปแล้ว ศาสตราจารย์ที่มีลักษณะคล้ายปลาหมึกซึ่งได้รับฉายาว่า “โคโระเซ็นเซ” ก็ได้คุกคามที่จะทำลายโลกในเดือนมีนาคมของปีถัดไป จากภารกิจของพวกเขา นักศึกษาพบว่าการฆ่าเขาเป็นเรื่องที่พูดได้ง่ายกว่าทำจริง โคโระเซ็นเซย์ไม่เพียงแต่สามารถเคลื่อนไหวได้ด้วยความเร็วสูงสุดถึงมัค 20 เท่านั้น แต่ยังสามารถต้านทานอาวุธทางโลกเกือบทุกชนิดได้อีกด้วย แปลกตรงที่เขายังพิสูจน์ให้เห็นอีกว่าเป็นหนึ่งในครูที่ดีที่สุดที่เด็กชั้น 3-E เคยมีมา โคโระเซ็นเซย์ฝึกฝนนักเรียนให้มีความโดดเด่นทั้งในด้านการเรียนและทักษะการเป็นนักฆ่า มั่นใจว่าความเฉลียวฉลาดและความมุ่งมั่นอันไม่ย่อท้อของนักเรียนของเขาจะสามารถพาพวกเขากลับไปที่วิทยาเขตหลักได้
ด้วยการลองผิดลองถูก นางิสะ ชิโอตะ รวมไปถึงนักเรียนคนอื่น ๆ จากห้อง 3-E จะต้องค้นหาจุดอ่อนของโครเซ็นเซย์ให้ได้โดยเร็วที่สุด เพราะชะตากรรมของโลกขึ้นอยู่กับโครเซ็นเซย์นี่เอง
