เมื่อ “ไซเรน” กองกำลังต่างดาวที่มีอาวุธยุทโธปกรณ์เหนือกว่าเทคโนโลยีปัจจุบันมาก ปรากฏตัวขึ้นอย่างกะทันหัน มนุษยชาติที่แตกแยกก็ยืนหยัดเป็นน้ำหนึ่งใจเดียวกันเป็นครั้งแรก สี่ประเทศ ได้แก่ สหภาพอีเกิล กองทัพเรืออังกฤษ จักรวรรดิซากุระ และไอรอนบลัด ก่อตั้ง Azur Lane ขึ้นเพื่อปูทางไปสู่การพัฒนาสงครามสมัยใหม่ ซึ่งนำไปสู่ชัยชนะในเบื้องต้นเหนือภัยคุกคามร่วมกัน อย่างไรก็ตาม สหภาพที่ไม่มั่นคงนี้ถูกคุกคามจากอุดมคติที่ขัดแย้งกัน ทำให้พันธมิตรแตกออกเป็นสองฝ่าย จักรวรรดิซากุระและไอรอนบลัดแยกตัวออกไปและก่อตั้งกลุ่มแกนแดง มนุษยชาติก็แตกแยกอีกครั้ง
ในฐานะนักสู้ที่ช่ำชองและมีประสบการณ์ เรือเอ็นเตอร์ไพรส์ “เกรย์โกสต์” แบกรับความหวังของ Azur Lane ที่จะยุติสงคราม แต่เบื้องหลังบุคลิกที่เข้มแข็งของเธอซ่อนหญิงสาวที่อ่อนแอและหวาดกลัวมหาสมุทรไว้ แม้จะเป็นอย่างนั้น เธอก็ยังคงต่อสู้ต่อไปโดยเชื่อว่านั่นคือจุดมุ่งหมายเดียวในการดำรงอยู่ของเธอ ในขณะเดียวกัน Javelin, Laffey และ Unicorn เรือสามลำจากสหภาพได้บังเอิญพบกับ Ayanami สายลับจากฝ่าย Red Axis แม้จะดูแปลกที่พวกเขาพยายามเป็นมิตรกับเธอ แต่ในฐานะศัตรู ความพยายามของพวกเขาก็ไร้ผล อย่างไรก็ตาม พวกเขายังคงยืนหยัดด้วยความหวังว่าจะประสบความสำเร็จในสักวันหนึ่ง
ท่ามกลางความขัดแย้งที่ไม่มีวันสิ้นสุดภายในมนุษยชาติ กุญแจสำคัญที่อาจทำให้เผ่าพันธุ์ที่แตกแยกเป็นหนึ่งเดียวกันเป็นหนึ่งเดียวกันอาจมีอยู่จริง: ทหารที่ยอมรับบุคลิกลึกลับของเธอและมิตรภาพระหว่างผู้ที่มีอุดมคติต่างกัน
