ดูอนิเมะเรื่อง Pokemon The Movie โปเกมอน เดอะมูฟวี่มันเป็นการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่ประสบความสำเร็จซึ่งผิดพลาดอย่างมหันต์ เมื่อทีมนักวิทยาศาสตร์ค้นพบ DNA ของโปเกมอน มิว โบราณ พวกเขาจึงควบคุมศักยภาพที่มีอยู่ในนั้นเพื่อพยายามสร้างอาวุธที่มีชีวิตขั้นสูงสุด ด้วยเทคนิคการโคลนนิ่งขั้นสูงและทรัพยากรที่ Giovanni ผู้นำองค์กรอาชญากรรม Team Rocket มอบให้ นักวิทยาศาสตร์จึงประสบความสำเร็จในการสร้างโปเกมอนพลังจิต มิวทู
Pokemon: Mewtwo no Gyakushuuเผยให้เห็นถึงพลังอันน่าสะพรึงกลัวของ Mewtwo ในขณะที่เขาได้เรียนรู้ว่าไม่เพียงแต่เขาถูกสร้างขึ้นเพื่อเป็นการทดลองเท่านั้น แต่ยังเป็นเครื่องมือสำหรับการติดต่ออันชั่วร้ายของ Giovanni ด้วย โดยหลุดจากการควบคุม มิวทูจึงสร้างป้อมปราการบนเกาะของตัวเองและสร้างเทคโนโลยีการโคลนนิ่งขึ้นใหม่ซึ่งให้ชีวิตแก่เขา
ภายใต้หน้ากากของการเป็นปรมาจารย์โปเกมอน มิวทูล่อผู้ฝึกสอนที่ดีที่สุดในโลกมาไว้ที่ฐานของเขา ในบรรดาผู้ฝึกสอนเหล่านี้ ได้แก่ Ash Ketchum, Pokémon Pikachu ผู้ซื่อสัตย์ของเขาและ Brock และ Misty เพื่อนของพวกเขา รวมกันเป็นหนึ่ง ทั้งมนุษย์และโปเกมอน พวกเขาไม่เพียงต้องค้นพบความลับที่ซ่อนอยู่ในแผนการของมิวทูเท่านั้น แต่ยังต้องยืนหยัดต่อสู้กับพลังอันน่าสะพรึงกลัวของเขาด้วย หากล้มเหลว การแก้แค้นของมิวทูจะไม่เพียงแต่นำไปสู่การกดขี่ข่มเหงโปเกมอนทั้งหมด แต่ยังรวมถึงการสูญพันธุ์ของเผ่าพันธุ์มนุษย์อีกด้วย